Anche se la meccanica di base è la stessa di Carcassonne in realtà CARCOSA offre qualche spunto di grado superiore che permette di non considerarlo un semplice clone del più famoso cugino. Innanzitutto l'ambientazione è quella di Cthulhu e chi conosce le opere di Lovercraft (o i numerosi giochi basati su quelle stesse opere) si sentirà immediatamente coinvolto. Poi la meccanica vera è propria contiene alcune variazioni importanti.

Si parte innanzitutto con quattro tessere già in campo (il quartiere di Hastur, ovvero il cuore di Carcosa) e poi le altre 84 tessere sono divise in 4-6 pile (in base la numero dei giocatori) poste su un piccolo tabellone quadrato che contiene il "Marchio Giallo" e la pista dei Punti Onore (PO). Esse sono messe tutte a faccia in giù ma, contrariamente a Carcassonne dove il retro è di colore uniforme con una grande "C" stampata al centro, mostrano la faccia "instabile" delle tessere definitive: la spiegazione fra un paio di righe.

I giocatori scelgono la tessera più in alto di una pila e pongono una loro pedina "Profeta" su quella stessa pila che diventa provvisoriamente inutilizzabile. Poi guardano entrambi i lati della tessera e la piazzano sul tavolo, sempre con la faccia instabile in alto, rispettando i terreni adiacenti: distretto con distretto (come le città di Carcassonne), flusso energetico con flusso energetico (invece delle strade) et lago con lago (al posto della campagna) o una qualsiasi combinazione delle tre.

Poi possono mettere uno dei loro "cultisti" (meeples di legno colorato) sulla tessera appena posata scegliendo uno dei tre terreni: se è stata scelta una tessera con dei “Relitti" (le cattedrali di Carcassonne) il cultista sarà posato su di essa. Quando un distretto viene chiuso o un flusso energetico completata o un relitto completamente circondato da 8 tessere scatta l'azione "magica": tutte le tessere instabili presenti nella combinazione sono girate sull'altro lato a formare il terreno definitivo ed il giocatore guadagna 2 PO per ogni tessera distretto, 1 PO per ogni tessera flusso energetico e 9 PO per ogni relitto completamente circondato da altre tessere.

Sulle tessere girate però possono apparire dei segni magici: il simbolo "Empowered Conflux" appare in alcuni flussi energetici ed incrementa il numero dei PO ricevuti dal giocatore; gli scudetti "Theater" appaiono in alcune tessere città e permettono di reclutare nuovi cultisti da una riserva speciale; il terrificante "Behold the Feaster" appare su alcune tessere Ritual e divora il cultista sulle rovine e tutti i cultisti sacrificati in mare (come i contadini nei poderi di Carcassonne).

Tutti i cultisti sopravvissuti impazziscono per la forza della magia e vengono riportati a casa in un'apposita casella dove dovranno essere guariti prima di rientrare in gioco. Quando si chiude un flusso energetico è possibile inoltre caricare magicamente una pietra runica (Immancabile quando di parla di Lovercraft): ce ne sono 6 ed ognuna può essere attivata solo se la lunghezza del flusso energetico appena chiuso lo permette (la runa da "2" con un flusso da 2 caselle, e così via).

La partita finisce quando due delle pile del tabellone sono esaurite o se un giocatore arriva alla fine della pista dei PO e riesce a promuovere tre cultisti. A questo punto si sommano al punteggio ottenuto sulla pista PO i punti ottenuti per le "costruzioni" parziali ancora in atto e chi ha il totale più alto avrà l'alto onore di conoscere il Re Giallo in persona

Nel gioco avanzato di Carcassonne, e su consiglio diretto dell'autore, si hanno sempre tre tessere in campo da cui scegliere quella da usare in ogni turno: CARCOSA ha mantenuto questo sistema utilizzando 4-5-6 tessere ma bloccandone alcune con i "Profeti": quindi i giocatori non solo devono pensare a quale tessera usare fra quelle rimaste libere, ma anche cosa potrebbero fare gli avversari, liberando la pila con il Profeta, con la nuova tessera disponibile.

Sembra una sciocchezza ma questa operazione non è così scontata perché per ostacolare gli altri ... tutto è permesso! Le tessere che possono avere una magia "speciale" sul lato stabile sono riconoscibili da un colore giallo e da una stellina: questo significa che è probabile (stellina a quattro punte) o molto più che possibile (stellina a 8 punte) una magia quando la tessera verrà rovesciata. Il giocatore che la pesca può guardare il lato attivo e, scoperto che tipo di magia è prevista, può giocare la tessera per uso personale oppure per dare danno agli avversari.

Le pietre runiche guadagnate con i flussi energetici possono essere giocate per ottenere dei vantaggi (sanare rapidamente i cultisti, recuperarne uno dalla riserva, esaminare tutte le tessere di una pila, ecc.) al costo di 1 PO, ma, dopo l'uso, il Profeta deve essere immediatamente spostato nella propria base: questo non solo fa ottenere qualche vantaggio immediato, ma è anche un ottimo trucco se la tessera sotto al Profeta è una di quelle che ci interessa, per cui si gioca la pietra all'inizio turno, si libera la pila e si rimette il Profeta proprio lì, dopo aver preso la famosa tessera.  

Da questi brevi commenti si deduce che Carcosa ha un grado di complessità superiore a Carcassonne e quindi è più "orientata" ai giocatori abituali.