Una partita a PRINCES OF MACHU PICCHU si svolge in 18 turni: 9 di giorno ed altrettanti di notte. I giocatori hanno a disposizione uno Scout (che si muoverà su un "sentiero" di 20 caselle, chiamato “Inca Trail”, che porta dalla città alla vetta della montagna) ed un Principe che invece si muoverà all'interno dei 15 quartieri della città per scegliere ed eseguire azioni.

Ognuno ha anche da 8 a 12 dischetti del suo colore (gli Incas) che verranno posizionati nelle aree produttive per ottenere in seguito nuove merci. Tutti ricevono una tessera "Sacrificio" (obiettivo) ed anche 1 segnalino di ogni merce a costituire la loro dotazione iniziale.

Ci sono 5 aree di produzione a Machu Picchu, e quando un Principe entra in una di esse incassa tutti i segnalini che vi si trovano e gli Incas presenti, dietro il pagamento di 1 segnalino mais, producono ognuno un altro segnalino di quel tipo.

Se il Principe entra invece in uno dei quattro templi prende tutte le pietre sacre che vi sono e fa muovere il suo Scout di 3 passi sull'Inca Trail per ogni pietra acquisita: poi verrà eseguito un sacrificio (si scarta un segnalino “lama”).

Due quartieri sono dedicati ai Sacerdoti ed alle Vergini e se un Principe arriva qui può acquistare un'altra tessera "obiettivo". Nei due quartieri Watchman Hut e Royal Palace si ottengono nuovi Inca da posizionare in città per aumentare la produzione.

Per scambiare merci al Mercato il Principe deve entrare nella Central Plaza: qui è possibile vendere merci per ottenere mais o pagare mais per ottenere merci, secondo l'apposita tabella stampata sulla mappa.

Sul quartiere dell'Orologio solare (Sun Clock) è possibile sacrificare uno o più dei propri lavoratori (Incas): di notte esso sarà scambiato per 3 diverse merci e lo Scout salirà di altre tre caselle sull'Inca Trail per ogni dischetto sacrificato.

Se un Principe decide di non muovere nei turni "di giorno" prende uno dei sette gettoni "Luna" e potrà usarlo di notte per fare avanzare lo Scout sull'Inca Trial o per guadagnare le merci indicate sul gettone.

Il gioco termina quando la quindicesima tessera "preti/vergini" viene acquisita da un giocatore oppure se sono state usate tutte 28 carte sacrificio. In entrambi i casi la città di Machu Picchu non sarà stata trovata dagli invasori Spagnoli ed i giocatori riceveranno Punti Vittoria (PV) per le tessere e le carte acquisite, gli Inca nei quartieri e la posizione dello Scout sull'Inca Trail.

Se invece il gioco arriva alla fine del nono turno senza essere stato "chiuso" significa che gli spagnoli hanno trovato e saccheggiato la città: il calcolo dei PV è uguale ma il giocatore con più simboli "oro" sulle carte Sacrificio triplica i suoi punti, mentre il secondo classificato li raddoppia. Vince ovviamente chi ha più PV.

Una delle caratteristiche di PRINCES OF MACHU PICCHU è proprio l'alternanza giorno/notte dei turni. Ognuno di essi inizia col sole in cielo e continua finché uno dei giocatori non preleva il terzo gettone "luna" dalla riserva sul tabellone: in tal caso il giocatore prende anche il gettone Sole e sarà il primo a giocare nel turno successivo.

Durante la notte tutti i gettoni "luna" acquisiti sono rimessi sul tabellone in cambio delle merci stampate sul gettone stesso (e dietro pagamento di 1 mais) oppure muovendo il proprio Scout di 2-3 caselle sull'Inca Trail.

Poi tutti gettoni "Inca" che erano stati sacrificati nel quartiere del Sun Clock sono rimessi nella propria riserva in cambio di 3 merci diverse prelevate dalla banca e facendo subito dopo muovere lo Scout di 3 caselle. Infine vengono rimessi sul tabellone 1 pietra per ogni tempio ed 1 merce per ogni sito produttivo.

Gli Scouts, come abbiamo visto, avanzano sull'Inca Trail ogni volta che viene eseguito un sacrificio nei templi o nel Sun Clock, oppure restituendo i gettoni Luna. Se raggiungono la casella 7 i giocatori ricevono 3 mais, se arrivano alla 13 prendono 1 Lama e se arrivano in cima alla montagna (casella 20) i giocatori pescano le prime tre carte Sacrificio e ne trattengono una a loro scelta (rimettendo le altre nel mazzo) poi ... ricominciano da capo tutto il percorso.

Il gioco inizialmente sembra piuttosto semplice e sostenuto da un semplice meccanismo di Piazzamento Lavoratori: in realtà non è così e ben presto ci si rende conto della necessità di programmare bene ed in anticipo le mosse del proprio Principe per riuscire poi a effettuare le "combinazioni" più remunerative.  Per giocatori abituali o esperti.