Su un mini tabellone centrale sono indicate tutte le azioni che i giocatori possono effettuare giocando a MANHATTAN PROJECT. Ognuna di esse permette la posa di un certo numero di "lavoratori" per poter beneficiare dei relativi Bonus. Si parte piazzando 7 carte EDIFICIO sul tabellone e scoprendo carte BOMBA ATOMICA (al Plutonio o all'Uranio) in base al numero di giocatori. Ognuno parte con 4 Operai (ma può acquisire in seguito Ingegneri e Scienziati) ed un po' di denaro (10 monete).

Al proprio turno è possibile piazzare UN SOLO lavorato sul tabellone e tanti lavoratori quanti si vuole, purché disponibili, sulla propria plancia (per sfruttare gli edifici acquisiti) o, in casi particolari, su quella degli avversari (per sfruttare edifici con bonus interessanti).

In alternativa alla "posa" si possono riprendere TUTTI dal tabellone e dalla propria plancia i lavoratori usati fino a quel momento (ma senza fare altro).

Le azioni possibili sul tabellone sono: comprare un edificio (costo variabile a seconda della sua posizione), sfruttare le fabbriche pubbliche (per avere principalmente soldi o Aerei), estrarre il minerale radioattivo (cubetti di legno) , prendere lavoratori extra dall'Università, accumulare Plutonio o Uranio, acquisire i progetti per le Bombe Atomiche e riparare eventuali edifici danneggiati dai bombardieri nemici.

Sulle proprie plance i giocatori sfruttano gli edifici acquisiti per effettuare più o meno le stesse operazioni del tabellone ma con risultati migliori o prelevando quantità maggiori.

Da notare l'uso diverso dei vari tipi di lavoratori: per esempio solo gli scienziati possono lavorare i minerali radioattivi, gli Ingegneri servono per produrre le bombe, ecc.  

Quando un giocatore ha accumulato abbastanza materiali (soldi, minerali, Plutonio ed Uranio) ed ha i lavoratori necessari può costruire una Bomba Atomica, cominciando così a fare punti.

Esiste anche la possibilità di costruire Aerei da Caccia o Bombardieri: i primi servono ad eliminare la Caccia nemica per bombardare poi un avversario (mettendo provvisoriamente fuori uso alcune delle sue carte). Inoltre i Bombardieri sono necessari per "caricare" le bombe costruite e fare così punti extra.

Vince chi arriva prima ad un certo punteggio (in base al numero di giocatori)